种类不同，柠檬晶不属于黄水晶，是由白水晶或紫水晶人工加工而成，黄水晶颜色是纯天然的；颜色不同，柠檬晶的颜色是黄绿色，天然水晶的颜色不一，有浅黄、金黄、橘黄等颜色；内部纹理不同，柠檬晶内部晶莹剔透，天然的黄水晶内部有色带和一些杂物。

1、种类不同

柠檬晶虽然颜色是亮黄色，但是不属于黄色系水晶，柠檬晶是由白水晶和紫水晶经过辐射或者加热手段人工改造的，黄色水晶是天然的黄色，颜色没有经过任何人工处理。

2、颜色不同

柠檬晶的颜色为黄色，非常鲜艳亮丽，并且黄色调中稍微泛绿色，色泽为黄绿色，天然的黄水晶的颜色纯正浓郁，有浅黄、金黄、橘黄、金橘等颜色，色调非常丰富。

3、内部纹理不同

柠檬晶内部几乎不含瑕疵，非常透明晶莹，天然的黄水晶内部的颜色深浅不一，有不同的黄色色带，具有很强的层次感，并且内部可以看见有棉絮和裂纹等杂物。