玛瑙与水晶等区别在于成分、色心、形成过程的不同，水晶等主要成分是二氧化硅石英结晶体，常见的色心为黄色、紫色、粉色，需要在自然环境下经过地壳运动所形成，玛瑙属于多晶集合体，以红、黄、绿等颜色最为常见，形成时间悠久且复杂。

1、成分不同

水晶

成分不同是玛瑙与水晶的主要区别之一，水晶的主要成分是二氧化硅，它大多为无色透明晶体，但是融入AI、Fe等微量元素时，则会呈现紫色、粉色、茶色、黄色等，玛瑙属于多晶集合体，是由无数个微小的二氧化硅晶体所组成等。

2、色心不同

玛瑙

水晶经辐照微量元素形成不同类型的色心，从而产生多样等颜色，常见等有紫色、黄色、粉色等，玛瑙的颜色多样，以玉髓为例，通常有红、绿、黄、褐色、白色等多种颜色，与水晶存在很大的差异。

3、形成过程不同

水晶

天然等水晶需要在自然环境下产生，存在于地壳等深处，通常需要经过火山以及地震等剧烈的地壳运动才能形成，十分的稀有，玛瑙的历史十分久远，地下岩浆在地壳中大量喷出，熔岩冷却后与其他气体形成气泡，后期被冷却融入二氧化硅成分，最后形成玛瑙。