故宫五线菩提可以通过其质地来分辨，故宫五线菩提放在手里有着明显的重量。也可以通过表皮来分辨，故宫五线菩提的表面有一层自然的磨砂皮。还可以通过形状来分辨，故宫五线菩提非正圆形，其整体看起来偏小。

1、质地

故宫五线菩提的皮质较厚，桩形较矮，表面有棱角突起，与天台五线菩提相比颜色略深。且故宫五线菩提因皮质较厚的原因，放在手里有着明显的重量，因此用来称重更加容易分辨。

2、表皮

故宫五线菩提的表面有一层自然的磨砂皮，而天台五线菩提则没有。在进行分辨的时候可将五线菩提握在手里把玩，感受其表面的磨砂质感以判断是否为故宫五线菩提。值得注意的是，把玩了一段时间的故宫五线菩提的磨砂会消失，因此不太好判断。

3、形状

故宫五线菩提的长度略长，其形状并非正圆形，菩提子整体看起来偏小，尺寸通常为7~8mm。大于10mm的故宫五线菩提比较稀少，因此在价格上比较高昂，所以可以通过形状及尺寸来分辨故宫五线菩提。