在清洗菩提子期间，首先将其放在温热水中浸泡2个小时左右，用钢丝刷以垂直的角度平刷，将每个缝隙都要仔细的刷洗干净。之后用手在水里不停的搅拌，将里面污垢洗出来，将其晾干后，用猪毛刷重复干刷几次即可。

1、浸泡

在清洗菩提子的时候，由于菩提子表面的纹路分布不均匀且较深，里面的污垢不容易清理出来，最好先将其放在温水中浸泡2个小时左右，这样能利于将里面的皮屑残渣泡软，以便于更好的清理，同时还可以筛选出损坏的菩提。

2、刷洗

之后用钢丝刷以垂直的角度平刷，一边刷的时候一边转动珠子，将每个部位都要刷洗干净，刷洗几次后，再换水浸泡，此时用手在水里使劲的搅拌，让刷洗的污垢洗出来，将其捞起来放在干毛巾上仔细揉搓几次。

3、重刷

将上面的水分擦干后，再放在阴凉的环境中晾干，但不可直接放在阳光下暴晒，以免内部水分流失，出现干裂的现象，等它完全干燥后，用猪毛刷重新干刷几次，这样能形成一定的抛光作用，还助于包浆的形成。