水晶和玉髓在颜色、质地、透明度上都有区别。水晶是无结晶的单晶质体，透明度高，颜色没有玉髓丰富，相对均匀单一，紫色和粉色较为常见，玉髓是有结晶的隐晶质体，不如水晶透明，常见的是不透明至白色、红色、血色等。

1、颜色

水晶

水晶的颜色没有玉髓丰富。水晶按成色分为粉晶、紫晶和其他类水晶，玉髓的颜色较水晶丰富，不仅有紫色、粉色，常见的是不透明至白色，还有红色、血色、黄色等水晶的玉石，从颜色上很好区分水晶和玉髓。水晶的颜色均匀单一，玉髓相对复杂。

2、质地

玉髓

水晶是二氧化硅的单晶质体，玉髓是二氧化硅的隐晶质体，虽然两者的表面都带荧光，但水晶更透一些。此外，玉髓是白蛋石在低温下，去水或生成水溶液的微晶物质，颜色随杂质含量的多少有所不同，水晶内无结晶。

3、透明度

水晶

水晶和玉髓因质地的不同，造成了透明度上的差异。玉髓主要呈不透明到透明状，内含水分较多，有的还有气泡，虽然水灵，但有一定的润度，水晶的晶莹剔透性比玉髓高很多，质地差异变化小，基本都呈透明状。